Die vieldiskutierte Touchscreen-Steuerung von „Metroid Prime:Hunters“ ist wohl auch intern bei Nintendo nicht ganz unumstritten. So plant man nun ein alternatives Kontrollschema, bei dem der Touchscreen nicht benötigt wird. Viele Leute hätten ihre Bedenken geäußert, wie man den Touchscreen bedienen und dabei gleichzeitig den DS halten soll.