Kaum erschien das erste SpongeBob Abenteuer für den Nintendo DS bündeln nun vier Cartoon-Helden aus dem Clan der Nick-Toons ihre Kräfte! Was die vier Freunde nun alles zu tun haben erfahrt ihr in der Story des Spiels.
Professor Calamitous hat Plankton, Vlad und Crocker rekrutiert, um eine Gruppe mit dem Namen „Syndikat des Bösen“ zu bilden. Die fiesen Vier wollen die Welt übernehmen und verwüsten dabei Retroville, Amity Park, Dimmsdale und Bikini Bottom!
Doch sie haben ihre Rechnung ohne Jimmy Neutron gemacht: Das Genie schart seine eigene Nicktoons-Gang um sich. Jimmy, Timmy, Danny und SpongeBob Schwammkopf bündeln ihre Kräfte, um das Syndikat des Bösen zu stoppen und nebenbei auch noch die zerstörerische Apokalypse-Maschine. Jetzt heißt es Gut gegen Böse – und nur eine Seite wird siegen!
Nun spielt man also SpongeBob Schwammkopf, Timmy Turner, Jimmy Neutron und Danny Phantom als Charaktere in einem kooperativen Spiel mit bis zu vier Teilnehmern. Über 15 Level aus der Nicktoons-Welt können erforscht werden, darunter Retroville, Dimmsdale, Amity Park und Bikini Bottom.