Der Schauplatz von Lux-Pain ist in der historischen Stadt Kisaragi angesiedelt, welche von einer mysteriösen Mord – und Unfallserie heimgesucht wird.
Logische Erklärungen sucht die Bevölkerung vergebens – verantwortlich ist scheinbar ein Wurm namens „Silent“, welcher durch Hass und Traurigkeit geboren wurde und sich daran machte die Menschen zu infizieren. Letzteres führt dazu, dass diese grausige Verbrechen begehen…
Die Eltern unseres Heldens Atsuki sind Opfer derartiger Verbrechen. Um seine Eltern zu rächen macht sich Atsuki auf um Lux-Pain zu finden, eine Kraft die sich in seinem linken Arm festsetzt und sein rechtes Auge golden schimmern lässt, wann immer er sie einsetzt um Silent zu bekämpfen.