Eine ganz besondere Neuankündigung hat Nintendo zur 3DS-Direct mit Super Mario Marker for Nintendo 3DS im Gepäck. Der bisher Wii U-exklusive Baueditor erscheint im Dezember auch für den 3DS.
Gleich von Beginn an dabei sind 100 von Nintendo gebaute Level, die zusätzlich besondere Aufgaben bieten: So müssen beispielsweise alle Münzen im Level gesammelt oder alle Gegner besiegt werden, bevor das Ziel erreicht wird. Als Belohnung winken anschließend Medaillen.
Die 3DS-Version ist mit der WiiU-Version nur begrenzt kompatibel: Das Suchen nach einer Level-ID ist deaktiviert und es lassen sich nur die 100-Mario-Herausforderung sowie die vorgeschlagenen Level spielen, wobei hier auch nicht jedes Level kompatibel sein wird. Alle Werkzeuge und Bauteile, die man schon in der WiiU-Version verwenden konnte, werden auch auf dem 3DS verwendbar sein, bis auf den ?-Pilz sowie den Mario-Kostümen, die man durch diesen erhält.
Mit dabei sind auch wieder Yamamura und Mashiko, die zur Einführung interaktive Tutorials bieten, mit deren Hilfe sich schnell Leveln basteln lassen. Diese sind allerdings nicht hochladbar, sondern können nur lokal und über StreetPass mit anderen Spielern geteilt werden. Auch unvollständige Level können geteilt und zusammen mit anderen Spielern fertiggebaut werden, wobei derartige Level entsprechend gekennzeichnet werden.
Super Mario Maker for Nintendo 3DS erscheint am 2. Dezember 2016 sowohl im Einzelhandel als auch im eShop als Download-Version.